Farklı numune türlerini test etmek için XRF analizörünün farklı modları kullanılır. Örneğin, alaşım modu çeşitli alaşım türlerini analiz etmek için kullanılır, madencilik modu farklı demir cevheri, bakır cevheri, titanyum cevheri, kurşun cevheri vb. türlerini tespit etmek için kullanılır ve değerli metal modu, ana element olarak Au, Ag ve Pt gibi değerli metalleri içeren numuneleri test etmek için kullanılır. Farklı uygulamalar için farklı analiz modları tasarlanmıştır.